Pored MUP-a, FHP je najveći broj zahteva za pristup informacijama od javnog značaja uputio Ministarstvu odbrane (MO). Zahtevi su se uglavnom odnosili na dobijanje informacija vezanih za delovanje određenih jedinica VJ tokom ratova u bivšoj Jugoslaviji, njihovu zonu odgovornosti, ali i informacije vezane za komandnu strukturu tih jedinica. FHP je tokom istraživanja podneo preko 100 zahteva za informaciju od javnog značaja MO-u. Po pravilu, MO je donosilo rešenja kojima je odbijalo da FHP-u dostavi podatke koji su bili predmet zahteva, uz četiri različita obrazloženja koja su analizirana u daljem tekstu. Ni jedno od ovih obrazloženja nije u skladu sa pozitivnim propisima Republike Srbije, kao ni međunarodnim normama koje garantuju pravo javnosti na uvid u arhive o kršenjima ljudskih prava.

Tajnost podataka je pravni osnov koji MO redovno ističe prilikom odbijanja zahteva FHP-a za informaciju od javnog značaja. Čak i u slučajevima kada se MO poziva na zaštitu podataka o ličnosti kao na osnov za odbijanje zahteva (videti dole odeljak „Zaštita ličnih podataka"), ono se redovno poziva i na tajnost podataka, npr. da su „podaci o profesionalnim vojnim licima sadržani u dokumentima personalne evidencije [a koji su] označeni kao ’Poverljivi’".

MO se u svojim rešenjima kojima odbija zahteve FHP-a poziva na odredbu Zakona o slobodnom pristupu informacijama od javnog značaja kojom je propisano da se tražiocu neće omogućiti ostvarivanje prava na pristup informacijama od javnog značaja ako bi time ...učinio dostupnim informaciju ili dokument za koji je propisima ili službenim aktom zasnovanim na zakonu određeno da se čuva kao državna, službena, poslovna ili druga tajna, odnosno koji je dostupan samo određenom krugu lica, a zbog čijeg bi odavanja mogle nastupiti teške pravne ili druge posledice po interese zaštićene zakonom koji pretežu nad interesom za pristup informaciji.

Naime, prema tumačenju MO, uvid FHP-a u traženu dokumentaciju proizveo bi „teške posledice" po odbranu zemlje. Najveći broj odgovora MO na zahteve FHP-a sadrži obrazloženje da MO ne može da dostavi tražene informacije jer „bi se time nanela šteta operativnoj i funkcionalnoj sposobnosti Vojske za vršenje zakonom i Ustavom Republike Srbije određenih zadataka i misija, odnosno njihovimodavanjem bi se nanela šteta interesima odbrane Republike Srbije koji pretežu nad interesima za slobodan pristup informacijama od javnog značaja".

Sudeći prema odgovorima MO, pružanje uvida javnosti u sledeće podatke bi prouzrokovalo štetu odbrani države:

Primeri traženih dokumenata Stepen tajnosti dodeljen od Ministarstva odbrane

Ime komandanta brigade Vojske Jugoslavije	"državna tajna"
Informacija o kretanju u službi pripadnika vojske nakon rata – da li su napredovali i da li su i dalje zaposleni u državnoj službi	"državna tajna"
Izveštaj Komande 3. armije Vojske Jugoslavije o izvršenim asanacijama bojišta na teritoriji Kosova i Metohije od 18. maja 2001. godine i Izveštaj Komande Prištinskog korpusa o izvršenim asanacijama bojišta na teritoriji Kosova i Metohije od 16. maja 2001. godine	„strogo poverljivo"
Imena komandanata brigada, bataljona i kasarni vojske	„poverljivo"
Informacija o tome da li je vojna kasarna u čijoj neposrednoj blizini su pronađene masovne grobnice bila u funkciji u vreme pokopavanja tela	„državna tajna"
Borbeni izveštaji brigada Vojske Jugoslavije	„strogo poverljivo"

Ministarstvo odbrane (MO) u svojim odgovorima zanemaruje zakonsku obavezu (član 9, stav 2 Zakona o slobodnom pristupu informacijama od javnog značaja) da obrazloži na koji način nedostavljanje informacije može dovesti do nastanka teške štete po interese odbrane Srbije, čija je zaštita pretežnija od prava javnosti da zna. MO ni u jednom rešenju kojim se odbija zahtev FHP-a nije navelo na koji bi način dostavljanje podataka o jedinici vojske koja više ne postoji moglo da ugrozi interese današnje Vojske Srbije, odnosno na koji bi se način nanela teška šteta po interese odbrane zemlje.

Ovakvo proizvoljno postupanje MO i tumačenje relevantnih zakonskih normi ima za direktnu posledicu izigravanje smisla i cilja Zakona o slobodnom pristupu informacijama od javnog značaja

Naime, sama zakonska mogućnost da MO samostalno i bez kontrole utvrdi postojanje vrlo apstraknog kriterijuma kao što je opasnost po odbranu zemlje u situaciji u kojoj ima jasno izraženi interes da skriva dokumentaciju, fundamentalno podriva pravo javnosti na slobodan pristup informacijama u posedu vlasti. U praksi, to znači da MO ima objektivnu mogućnost da pod izgovorom zaštite „nacionalne bezbednosti" od javnosti skriva informacije o učešću ove institucije i njenih pripadnika u sistemskim kršenjima ljudskih prava. Kao što se može videti iz prakse FHP-a, MO tu mogućnost i koristi.

MO takođe, suprotno Zakonu o tajnosti podataka, tvrdi da su imena vojnika i borbeni izveštaji vojnih jedinica tajna, iako je mnoštvo takvih podataka već javno dostupno preko baze podataka MKSJ ili preko medija. Naime, prema Zakonu, „tajnost podataka prestaje ako je podatak učinjen dostupnim javnosti".172 Ilustrativan slučaj je odbijanje MO da odgovori na zahtev FHP-a za informaciju o tome ko je bio komandant 63. padobranske brigade Vojske Jugoslavije u periodu od 14. marta do 20. juna 1999.godine.

Naime, uprkos tome što su mediji objavili174 članke o biografi ji pukovnika Ilije Todorova (tadašnjeg komandanta 63. padobranske, a kasnije komandanta specijalne brigade Vojske Srbije), MO je odbilo FHP-ov zahtev navodeći da je traženi podatak zaštićen dvema oznakama tajnosti – „državna tajna" i „poverljivo".

Prema obrazloženju MO, ovaj podatak je označen kao državna tajna jer je reč o „podacima o ratnom rasporedu, u koje, između ostalog, spadaju podaci o dužnosti po ratnoj formaciji kao i podaci – imena profesionalnih vojnih lica raspoređenih na ove dužnosti". Oznaku „poverljivo" nosi jer je reč o podacima iz personalne evidencije o profesionalnim vojnim licima.

U odgovorima na zahteve FHP-a kojima je tražen uvid u izveštaje o izvršenim asanacijama, MO se po prvi i jedini put u odgovorima na zahteve FHP-a osvrnulo na mogućnost opoziva tajnosti. Naime, kako je već navedeno, prema Zakonu o tajnosti podataka, ovlašćeno lice u državnom organu može da „opozove tajnost podatka, odnosno dokumenta koji sadrži tajni podatak i omogući ostvarivanje prava tražiocu […] u skladu sa zakonom kojim se uređuje slobodan pristup informacijama od javnog značaja i zakonom koji uređuje zaštitu podataka o ličnosti".

Zakon daje ovakvo ovlašćenje državnom organu ukoliko „nastupe činjenice i okolnosti usled kojih podatak prestaje da bude od interesa za Republiku Srbiju". FHP veruje da je jedini razlog zbog kog se MO u ovom slučaju upustilo u takvu analizu to što u slučaju ovog izveštaja tajnost podatka ističe već u maju 2016. godine. Uprkos tome, ali i činjenici da je ovaj izveštaj već delimično objavljen u publikaciji Vojske i da bi potencijalno značajno pomogao u potrazi za nestalima iz rata, MO je našlo da nema mesta opozivu tajnosti pomenutog dokumenta koji nosi oznaku „strogo poverljivo" pre isteka roka zaštite…

Izvor: Izveštaj „Pristup dokumentima o zločinima protiv međunarodnog prava u posedu institucija Srbije: Državna tajna jača od prava na istinu" FHP, 5. april 2016.