Paralelno sa vanrednim izborima za republički parlament, 20. decembra održani su i vanredni predsednički izbori na kojima je bilo sedam kandidata. Ovoga puta promenjen je državni okvir u kome se glasalo i sada je Srbija bila federalna republika u dvočlanoj državnoj zajednici sa Crnom Gorom. Ta tvorevina se zvala Savezna Republika Jugoslavija (SRJ, stvorena 27. aprila, 1992). Miloševiću se najozbiljnije suprotstavio tadašnji premijer SRJ, Milan Panić, iza kojeg je stala opozicija. Međutim, Milošević je i ovoga puta pobedio u prvom krugu sa 2.515.047 glasova (53,24%) i dobio novi mandat. Panić oko 1.517.000 glasova.

Prema podacima RIK-a bilo je 80.326 nevažećih glasova. U publikaciji Centra za slobodne izbore i demokratiju "Izbori u SRJ od 1990. do 1998." Vladimir Goati navodi podatak o 275.861 (5,9%) nevažećih listića.

Glasanje za izbor predsednika Republike obavljeno je na 9.861 biračkom mestu. Na 86 biračkih mesta glasanje je poništeno i, zbog toga što ne može da utiče na ukupne rezultate izbora, glasanje na ovim biračkim mestima nije ponovljeno. U Republici Srbiji ima 6.949.150 ukupno upisanih birača u biračke spiskove. Glasalo je ukupno 4.457.671 birač. Za kandidate je glasalo 4.377.345 birača.

ime i prezime	Predlagač	dobio glasova
SLOBODAN MILOŠEVIĆ	Socijalistička partija Srbije	2.515.047
MILAN PANIĆ	grupa građana	1.516.693
MILAN PAROŠKI	Narodna stranka i Srpska opozicija	147.693
JEZDIMIR VASILJEVIĆ	grupa građana	87.847
MIROSLAV MILANOVIĆ	grupa građana	61.729
DRAGAN VASILJKOVIĆ – KAPETAN DRAGAN	grupa građana simpatizeri Kapetana Dragana	28.010
dr BLAŽO PEROVIĆ	Demokratska otadžinska koalicija	20.326